Sobre esta unidade foi depositado um Complexo Vulcano-Sedimentar constituído por rochas sedimentares (xistos siliciosos, xistos negros, jaspes e chertes) e por rochas vulcânicas (vulcanitos e lavas de composição riolítica e dacítica, espilitos, diabases e rochas vulcanoclásticas). Esta unidade demonstra a ocorrência de actividade vulcânica no fundo do mar, há cerca de 352 a 330 Milhões de anos atrás, entre o Fameniano Superior e o Viseano Superior.

A génese dos jazigos minerais da FPI está relacionada com a circulação de fluidos hidrotermais entre as rochas vulcânicas e sedimentares, as quais sofreram por isso processos físico-químicos de lixiviação e de troca iónica. Nos locais de descarga destes fluidos formam-se em ambiente marinho massas de sulfuretos ricas em ferro, cobre, zinco, chumbo, prata e ouro. A riqueza destes depósitos conduziu a uma intensa actividade mineira na FPI.

Por último, sobrepondo-se ao Complexo Vulcano-Sedimentar, depositou-se em meio marinho uma sequência de sedimentos turbidíticos (grauvaques, siltitos, xistos e conglomerados), com vários quilómetros de espessura, que constitui o Grupo do Flysch do Baixo Alentejo, de idade pertencente ao Viseano Superior, há 340 a 330 Milhões de anos.

As numerosas ocorrências de minérios de cobre, ferro e manganês existentes na FPI foram certamente determinantes no modo de vida das populações que por aqui residiram. A exploração destes depósitos de metais ocorre desde o Calcolítico que (3362-2156 a.C.), intensificando-se mais tarde, por volta do séc. VIII a.C. por povos como os tartéssios, fenícios e os cartagineses. Durante o Império Romano foram intensamente explorados vários jazigos de sulfuretos, como é o caso de S. Domingos, Aljustrel e Canal Caveira em Portugal, e Rio Tinto e Tharsis, em Espanha, sobretudo na sua parte mais superficial, marcada pela existência de chapéus de ferro ou gossans.

Mina de Aljustrel: campos de cementação de cobre na área industrial de Algares

Mina de S. Domingos: fábricas de enxofre na Achada do Gamo.

Mina de Rio Tinto: malacate mineiro junto ao Museu de Rio Tinto.	Mina de Tharsis - corta de Filón Norte inundada com águas ácidas.

Os povos árabes pouco se dedicaram à actividade extractiva, preferindo negociar os concentrados de metais extraídos pelas populações locais em entrepostos (caso de Mértola).

No seguimento da revolução industrial do séc. XIX reinicia-se a exploração mineira extraindo-se, já com técnicas modernas, grandes volumes de mineral para obtenção do cobre designadamente em S. Domingos e Aljustrel.

Esta actividade estendeu-se posteriormente, durante o início do séc. XX, às minas de Lousal e Caveira situadas no sector NW da FPI. Actualmente, a única mina em laboração é a de Neves Corvo, que constitui um projecto mineiro marcado por elevada tecnologia de produção de concentrados de cobre e estanho a partir de amplas reservas de minérios com alto teor nestes metais. Na Faixa Piritosa ocorrem ainda depósitos de manganês e mineralizações filonianas de cobre, antimónio, chumbo e bário.

Lousal Mine: malacate 1 e o edificio de trituração do minério.	Mina de Neves Corvo – vista aérea da mina, imagem Somincor.